Кафедра микробиологии была создана в Семипалатинском государственном медицинском институте в 1954 году. Первым заведующим был Исаак Карлович Бабич. С 1963 по 1965 год кафедрой заведовала Александра Николаевна Ковалевская. С 1965 по 1986 год кафедрой руководил доктор медицинских наук, профессор Хатмуш Лутфуллиевич Галикеев. На протяжении многих лет И. К. Бабич, затем Х. Л. Галикеев возглавляли местное отделение Всесоюзного общества микробиологов, эпидемиологов и инфекционистов. С 1986 года заведующим кафедрой стал Марат Маутканович Уразалин.
С 2018 года кафедрой руководит к.м.н., ассоциированный профессор Рахимжанова Фарида Сергазиновна.
Много лет на кафедре плодотворно работает студенческий научный кружок. Издан учебник «Микробиология» на казахском языке (соавтор М. М. Уразалин), учебное пособие «Общая и частная вирусология» на русском и казахском языке (авторы О. А. Заворохина, М. Т. Абишева – «Эверо» – 2017), «Медицинский терминологический словарь» по дисциплине «микробиология» на русском, казахском и английском языках (составители О. А. Заворохина, М. Т. Абишева – Семей – 2017).
20 октября 2018 года кафедрой совместно с KazMSA проведено межпредметную олимпиаду по микробиологии, в которой участвовали четыре команды: две из МУА Астана, по одной из КГМУ г. Караганда и ЮКМА г. Шымкент.
8 декабря 2018 года кафедрой проведена предметная олимпиада по микробиологии среди студентов второго курса всех факультетов. Всего участвовало шесть команд.
