Академический комитет (АК) является высшим органом управления учебно-методической деятельностью Медицинского университета Семей. Руководство деятельностью АК осуществляет проректор по академической работе, являющийся одновременно председателем этого совета.
В состав АК входят заведующие кафедрой, председатели комитетов образовательных программ, деканы школ, руководители структурных подразделений.
Комитет образовательных программ (далее КОП) является коллегиальным органом Медицинского университета Семей, осуществляющим координацию учебно-методической работы через обеспечение компетентностного подхода в подготовке выпускников в рамках образовательных программ по соответствующей специальности либо направлению подготовки. Контроль за работой КОП осуществляет АК.
В состав КОП входят заведующие кафедрой, профессора, доценты, ведущие преподаватели кафедр, обеспечивающих образовательный процесс по соответствующей специальности /направлению подготовки/, эдвайзеры по специальности /направлению подготовки/, ведущие специалисты практического здравоохранения, работодатели, представители контингента обучающихся.