Бухгалтерия бөлімі ЖОО құрылғаннан бастап 1953 жылы ұйымдастырылған.
Бірінші бас бухгалтер болып Каргина Екатерина Сергеевна тағайындалған, сосын осы қызметте әр жылдары Кожаева Нина Евгеньевна, Погодина Таисия Матвеевна, Беспалова Марина Григорьевна, Акбарова Нясып Токашевна, Турсинканбетова Еркежан Саятовна жұмыс істеді.
2017 жылы қаржы-экономикалық Департамент бөлу жолымен бухгалтерлік есеп және есептілік бөлімі және жоспарлау және экономикалық талдау бөлімі болып қайта құрылды.
Осы уақытта бухгалтерлік есеп және есептілік бөлімін Қымбат Саматқызы Райханова басқарады.
Бухгалтерия – ақшалай қаржыны мақсатты шығындай бойынша бақылау жүргізіледі. Өзінің жұмысында бухгалтерлер Қазақстан Республикасының Конституциясын, «Мемлекеттік сатып алулар туралы» және ҚР басқа заңдарын, білім және бухгалтерлік есеп сұрақтары бойынша Қазақстан Республикасы Үкіметінің қаулылары мен шешімдерін; бухгалтерлік есепті ұйымдастыру және есептілікті құру сұрақтары бойынша қаржылық және бақылау – қаржылық органдары, жоғарыда тұрған органдар басқа басшылық және нормативтік құжаттарын; ЖОО қаржы шаруашылық қызметін, ЖОО бухгалтерлік есепті ұйымдастыру бойынша ережелер мен нұсқаулықтарды; ақшалақ қаржыны, тауардық-материалдық құндылықтарды, есептеулер мен төлемақы міндеттемелерін инвентаризациялау өткізу ережелерін; тексерулер мен құжаттамалық ревизиялар өткізу ережелерін; еңбекті қорғау, қауіпсіздік техникасы, өндірістік санитария және өртке қарсы ережелер мен нормаларды, сондай-ақ, университеттің Жарғысын және ішкі еңбек тәртібі Ережелерін басшылыққа алады.
Университеттің қаржы-шаруашылық қызметі, инвентаризация, есеп және есептілік
сұрақтары бойынша өзінің қызметінде педагогикалық, әкімшілік, оқу-жанама және қызмет ету қызметкерлерімен өзара әрекет етеді.
Бөлім қызметкерлері салық және қаржылық заңнаманың, бухгалтерлік есеп және
салық саясатын жақсы білетін білікті мамандар. Бухгалтерлік есепті сапалы жүргізу және бухгалтердің кәсіптілігі – ұйым табысты қызметінің маңызды құрамы болып табылады.
