В соответствии с Постановлением Правительства Республики Казахстан 19 октября 2018 года № 666 «О вопросах создания некоммерческого акционерного общества “Медицинский университет Семей” Республиканское государственное предприятия на праве хозяйственного ведения «Государственный медицинский университет Семей» Министерства здравоохранения Республики Казахстан и республиканское государственное казенное предприятие «Научно -исследовательский институт радиационной медицины и экологии» Министерства здравоохранения Республики Казахстан реорганизовано путем слияния и преобразования в установленном законодательством порядке в некоммерческое акционерное общество «Медицинский университет Семей» со сто процентным участием государства в уставном капитале.
Права владения и пользования пакетом акций НАО «Медицинский университет Семей» переданы Министерству здравоохранения Республики Казахстан.